.htaccess 파일의 6, 7번 라인 주석처리하고 해보세요.
7번 라인은 틀린 구문형태입니다.

6, 7번 라인을 지우고 실행하면 /index.php는 정상적으로 나옵니다.
7번만 지우고 실행해도 /index.php 정상...

그런데 index.php를 빼고 실행하면... ㅠㅠ  
페이지 리스트가 뜨네요...
ㅠㅠ

 혹여... http.conf에 문제가 있나 싶어 모두 올려봅니다. (WinXP, Apache2.2.14 + Php5.2
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1~2시간 시도하다 안되면 ㅡㅜ;; 결국 jsp로 코딩해야 할 위기...
이번 플젝에 코드이그나이터를 쓰자고 우겨서 셋팅하고 있는데... 자칫하면 물 건너갈 듯 합니다.
부디 코드이그나이터로 된 사이트 하나를 위해서라도,
허접 플그머의 고충을 헤아려주심 감사하겠습니다.
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ServerRoot "d:/prog/apache2.2.14"

#Listen 12.34.56.78:80
Listen 80

# Example:
# LoadModule foo_module modules/mod_foo.so
#
LoadModule actions_module modules/mod_actions.so
LoadModule alias_module modules/mod_alias.so
LoadModule asis_module modules/mod_asis.so
LoadModule auth_basic_module modules/mod_auth_basic.so
#LoadModule auth_digest_module modules/mod_auth_digest.so
#LoadModule authn_alias_module modules/mod_authn_alias.so
#LoadModule authn_anon_module modules/mod_authn_anon.so
#LoadModule authn_dbd_module modules/mod_authn_dbd.so
#LoadModule authn_dbm_module modules/mod_authn_dbm.so
LoadModule authn_default_module modules/mod_authn_default.so
LoadModule authn_file_module modules/mod_authn_file.so
#LoadModule authnz_ldap_module modules/mod_authnz_ldap.so
#LoadModule authz_dbm_module modules/mod_authz_dbm.so
LoadModule authz_default_module modules/mod_authz_default.so
LoadModule authz_groupfile_module modules/mod_authz_groupfile.so
LoadModule authz_host_module modules/mod_authz_host.so
#LoadModule authz_owner_module modules/mod_authz_owner.so
LoadModule authz_user_module modules/mod_authz_user.so
LoadModule autoindex_module modules/mod_autoindex.so
#LoadModule cache_module modules/mod_cache.so
#LoadModule cern_meta_module modules/mod_cern_meta.so
LoadModule cgi_module modules/mod_cgi.so
#LoadModule charset_lite_module modules/mod_charset_lite.so
#LoadModule dav_module modules/mod_dav.so
#LoadModule dav_fs_module modules/mod_dav_fs.so
#LoadModule dav_lock_module modules/mod_dav_lock.so
#LoadModule dbd_module modules/mod_dbd.so
#LoadModule deflate_module modules/mod_deflate.so
LoadModule dir_module modules/mod_dir.so
#LoadModule disk_cache_module modules/mod_disk_cache.so
#LoadModule dumpio_module modules/mod_dumpio.so
LoadModule env_module modules/mod_env.so
#LoadModule expires_module modules/mod_expires.so
#LoadModule ext_filter_module modules/mod_ext_filter.so
#LoadModule file_cache_module modules/mod_file_cache.so
#LoadModule filter_module modules/mod_filter.so
#LoadModule headers_module modules/mod_headers.so
#LoadModule ident_module modules/mod_ident.so
#LoadModule imagemap_module modules/mod_imagemap.so
LoadModule include_module modules/mod_include.so
#LoadModule info_module modules/mod_info.so
LoadModule isapi_module modules/mod_isapi.so
#LoadModule ldap_module modules/mod_ldap.so
#LoadModule logio_module modules/mod_logio.so
LoadModule log_config_module modules/mod_log_config.so
#LoadModule log_forensic_module modules/mod_log_forensic.so
#LoadModule mem_cache_module modules/mod_mem_cache.so
LoadModule mime_module modules/mod_mime.so
#LoadModule mime_magic_module modules/mod_mime_magic.so
LoadModule negotiation_module modules/mod_negotiation.so
#LoadModule proxy_module modules/mod_proxy.so
#LoadModule proxy_ajp_module modules/mod_proxy_ajp.so
#LoadModule proxy_balancer_module modules/mod_proxy_balancer.so
#LoadModule proxy_connect_module modules/mod_proxy_connect.so
#LoadModule proxy_ftp_module modules/mod_proxy_ftp.so
#LoadModule proxy_http_module modules/mod_proxy_http.so
LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so
LoadModule setenvif_module modules/mod_setenvif.so
#LoadModule speling_module modules/mod_speling.so
#LoadModule ssl_module modules/mod_ssl.so
#LoadModule status_module modules/mod_status.so
#LoadModule substitute_module modules/mod_substitute.so
#LoadModule unique_id_module modules/mod_unique_id.so
#LoadModule userdir_module modules/mod_userdir.so
#LoadModule usertrack_module modules/mod_usertrack.so
#LoadModule version_module modules/mod_version.so
#LoadModule vhost_alias_module modules/mod_vhost_alias.so

<IfModule !mpm_netware_module>
<IfModule !mpm_winnt_module>

User daemon
Group daemon

</IfModule>
</IfModule>


<FilesMatch "^\.ht">
    Order allow,deny
    Deny from all
    Satisfy All
</FilesMatch>

ErrorLog "logs/error.log"

LogLevel warn

<IfModule log_config_module>
    LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\"" combined
    LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b" common

    <IfModule logio_module>
      LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\" %I %O" combinedio
    </IfModule>

    CustomLog "logs/access.log" common

    #CustomLog "logs/access.log" combined
</IfModule>

<IfModule alias_module>
    ScriptAlias /cgi-bin/ "d:/prog/apache2.2.14/cgi-bin/"
</IfModule>

<IfModule cgid_module>
    #Scriptsock logs/cgisock
</IfModule>

DefaultType text/plain

<IfModule mime_module>
    TypesConfig conf/mime.types

    AddType application/x-compress .Z
    AddType application/x-gzip .gz .tgz

    #AddHandler cgi-script .cgi

    #AddHandler type-map var

    #AddType text/html .shtml
    #AddOutputFilter INCLUDES .shtml
</IfModule>

# Virtual hosts
Include conf/extra/httpd-vhosts.conf

# Secure (SSL/TLS) connections
#Include conf/extra/httpd-ssl.conf
#
# Note: The following must must be present to support
#       starting without SSL on platforms with no /dev/random equivalent
#       but a statically compiled-in mod_ssl.
#
<IfModule ssl_module>
SSLRandomSeed startup builtin
SSLRandomSeed connect builtin
</IfModule>

# PHP 5 settings
Include conf/extra/httpd-php.conf

위 셋팅 부분은 ci를 사용하기 편리하게 해주는 부분이고
이 부분때문에 ci 사용을 못하게 된다는 것은 어폐가 있습니다.

일단 프로젝트는 진행을 하시고 주소부분은 천천히 해결해도 될 것 같습니다.

ci 자체로 문제가 생긴 것이 아니라 지속적으로 반복되는 index.php를 빼서 편리성을
주기 위한 부분에서 생긴 문제라 구분을 지어 판단할 수 있도록 이야기하시는 것이
필요할 것 같습니다.

 12번 라인은... 에디트플러스에서 복사해서 넣었더니... 저렇게 찍혔네요~ 
실제 A 태그는 없습니다.

뭐 제가 우겨서 진행하다보니, 현재 명목이 좀 부족한 상황이라서요~
일단 2.0.1로 엎어치고, 적용하니 잘 나옵니다.

1.7 소스 참고하면서 게시판 하나 먼저 맹글고~ 다시 이야기 해야 할 듯 합니다.~

감사합니다. ^^