코드이그나이터에서 업데이트 기능을 사용한다는게 어떤 의미인지 알 수가 없네요.
코드이그나이터 프레임워크는 github를 통해서 개발버전을 배포하거나 홈페이지에서 안정버젼을 제공하기는 합니다.

어떤 솔루션을 사용하고 계신 것 같네요.

개발자가 하는 업데이트와 어드민에서 하는 업데이트가 다른 개념일 것 같네요.

현재 상황을 잘 설명하셔야 답변도 잘 받으실 수 있습니다.

솔루션인 것 같습니다.
이게 분명 ftp 접속하여 폴더를 보면 코드이그나이터 형태로 되어있습니다.
그리고 admin 사이트도 모듈, 컨트롤러 모두 코드이그나이터 형태입니다.
그런데 사이트 개발자가 자동 업데이트 기능을 넣어서 예를 들어 그 개발자가 모듈의 어떤 기능을 업데이트 하면
자동으로 그 폴더가 갱신 되는 형태입니다.
그런데 이게 보안상의 문제가 있을 수가 있어 걱정이네요 ㅠㅠ
 

@상인 인증되지 않은 사용자가 업데이트를 통해서 서버에 존재 하는 PHP 코드를 수정 할 수 있다는건 프레임워크를 사용한다 하여도 보안상 문제가 될 수 있을수도 있습니다.
하지만 업데이트 로직이 어떻게 구성되어 있는지 보지 않고서는 보안 문제 발생 여부를 파악 할 수가 없습니다.
문제가 있다고 생각되시면 해당 기능을 제거 하시면 됩니다.

형상관리툴(svn, csv, git등)을 사용할 경우 다른 pc나 서버에서 개발을 하고 운영서버에 update를 할 수 있습니다.
현재 내용만 가지고는 위험하다, 아니다 판단할 수가 없네요. ^^

서버는 호스팅을 통해서하고 있습니다.
이게 혹시 어떤 로직을 사용하는지 알 수 있는 방법이 있을까요~???

상인/ 문서나 물어볼 사람이 없는건가요? 
외부에서는 어떤 로직을 사용했는지 알 수 있으려면 소스를 보는 방법밖에 없습니다.
그리고 정확하게 상인님이 무엇을 궁금해하시는지 아직 모르겠습니다. ^^;

소스단 부분인지 서버단의 운영부분인지..
그리고 업데이트할때 왜 위함하다고 생각하시는지?
위험은 항상 존재하고 서버는 언제든지 멈출 수 있다라는 명제하에 운영됩니다.
위험을 어디까지 막을 것인가? 하는 부분은 비용과 연관이 되어 있구요.

정확한 의도를 모르겠으니까 제 답도 한없이 깊이 들어갑니다.

저 혼자 책 뒤져가며 하고 있어서 물어볼 사람이 아무도 없네요 ㅠㅠ
이 사이트를 이용해서 상업용 신용카드나 회원정보 누출 때문에 심히 걱정되는 것은 사실입니다.
서버는 문제가 될 것이 없는데 업데이트 하면서 소스에 위험한 정보가 있을 까봐 걱정이 되서 질문 드렸습니다~! 
답변 감사합니다!

다른 개발자가 만든 소스를 회사내부에서 체크하지 않고 업데이트가 되나 봅니다.
그런 경우 보안은 업데이트 하는 쪽에서 책임을 져야합니다. 

걱정되시면 회사내부나 개인pc에 똑같은 서버환경을 구축해놓고 업데이트해서 소스단 체크하고 
문제가 없을때 운영서버에 업데이트하라고 할 수 있습니다.

이건 정책적으로 결정해야할 문제입니다. ^^