class MY_Input extends CI_Input
{

	function MY_Input()
	{
		parent::CI_Input();
	}


	/**
	 * euc-kr에서는 버그가 있으므로 utf-8로 변경해서 검사.
	 */
	function xss_clean($str, $is_image = FALSE)
	{	
		$CFG =& load_class('Config');
		$charset = $CFG->item('charset');
		$CFG->set_item('charset', 'UTF-8');			// UTF-8로 변경.
		$str = iconv($charset, 'UTF-8', $str);		// 검사할 문자열을 UTF-8로 변경.
		$str = parent::xss_clean($str, $is_image);
		$CFG->set_item('charset', $charset);		// 인코딩을 원상복구~

		if(is_bool($str))
			return $str;

		return iconv('UTF-8', $charset, $str);
	}
}

전 이렇게 해서 해결했습니다.

검사하기전에 UTF-8로 인코딩 변경하고(전역 설정도 변경)
검사 후 다시 기본 인코딩으로 변경합니다.

피드백 적극 환영합니다 ㅎㅎ